Маркакольский заповедник организован в 1976 г и расположен на территории Маркакольского р-на. Площадь 71367 га, в том числе 5521 га — лесопокрытая, 2194 га занимают сенокосные угодья и 43 950 га — водоемы.
Маркакольский заповедник находится в горном районе, на высоте до 3700 м над ур. м. и занимает большую часть оз. Маркаколь, расположенного на высоте 1495 м над ур. м. в межгорной впадине между хребтами Курчумским и Азутау. Максимальная глубина озера 23,8 м. В озеро впадают 27 небольших рек и ручьев: Байбаксу, Матабай, Урунхайка, Карабулак, Тополевка, Верхняя Еловка и др.
Почвенный покров разнообразен, здесь представлены горно-тундровые, горно-лесные, горно-луговые, темно-серые слабо-подзолистые, лесные черно-земновидные, горные лесолуговые, лугово-степные и черноземные горно-степные выщелоченные, а также лугово-черноземные, поименно-луговые, лугово-болотные, болотные и другие почвы.
Маркакольский заповедник находится в трех разных климатических зонах: резко континентальный монгольский, континентальный западносибирский. Южный Алтай относится к Алтайско-Сауртарбагатайской климатической области.
Интересен и разнообразен растительный покров. Здесь представлены каменистые и мохово-кустарниковые (терниковые) тундры, лиственные редколесья, альпийские и субальпийские луга, кобрезиевые, светлохвойная тайга с примесью темнохвойных пород, лиственничная лесостепь, разнотравно-злаковые степи, пойменные осоковые луга, болота и пр.
Выделено 19 типов леса, наибольшее распространение имеют лиственничники (скальный, субальпийской, пихтово-моховой, пихтово-разнотравный, смородиновый, таволговый, злаково-разнотравный и др.), менее распространены пихтачи и ельники, произрастающие в южной части горно-таежного пояса (1900—2100 м над ур. м.), например, пихтачи злаково-разнотравный и широкотравный и др., а также березняки (разнотравные, вейниковые, осоково-болотные), осинники, тополевники, ивняки и пр. В подлеске Маркакольского заповедника обычны акация желтая, смородина, рябина сибирская, малина лесная, бузина красная; из травянистых растений преобладают борщевики, крестовники, папоротники, герань, кислица, ежа, фиалка, ясменник и, др.
По последним данным в заповеднике насчитывается более 40 видов млекопитающих. Хорошо распространены рысь, барс, косуля, белка, марал. Птицы представлены следующими видами — серая и белая цапли, розовый пеликан, глухарь, тетерев, рябчик и др.
Дальнейшие исследования Маркакольского заповедника должны быть направлены на разработку методов восстановления биоценоза черневой тайги и изучение рыб уникального водоема — оз. Маркаколь.