Марқакөл қорығы 1976 жылы құрылған және Марқакөл ауданының аумағында орналасқан. Ауданы 71367 га, оның ішінде 5521 га — орманды, 2194 га — шабындық алқаптарды және 43 950 га – су айдындарын алып жатыр.
Марқакөл қорығы таулы аймақта, теңіз деңгейінен 3700 м биіктікте тұр және Күршім мен Азутау жоталары арасындағы тау аралық ойыста теңіз деңгейінен 1495 м биіктікте орналасқан Марқакөл көлінің көп бөлігін алып жатыр. Көлдің максималды тереңдігі – 23,8 м. Көлге 27 шағын өзен мен бұлақтар құйылады: Байбақсу, Матабай, Ұрынқай, Қарабұлақ, Тополевка, Жоғарғы Еловка және т.б.
Топырақ жамылғысы алуан түрлі, мұнда таулы-тундралы, таулы-орманды, таулы-шалғынды, қара-сұр әлсіз күлді, орманды қара-жер асты сулы, таулы орманды-шалғынды, шалғынды-далалы және қара топырақты таулы-далалы сілтілі, сондай-ақ шалғынды-қара жер, алқапты-шалғынды, шалғынды-батпақты, батпақты және т.б топырақты.
Марқакөл қорығы үш түрлі климаттық аймақта орналасқан: моңғолдық күрт континентті, батыс сібір континентті. Оңтүстік Алтай Алтай-Сауртарбағатай климаттық облысына жатады.
Өсімдік жамылғысы қызықты және алуан түрлі. Мұнда тасты және мүкті-бұталы (тікенді) тундралар, жапырақты селдір тоғай, альпілік және субальпілік шалғындар, саркүйікті, қара қылқан тектімен араласқан ашыққылқан жапырақты тайга, сағызқарағай орманды дала, шөпті-дәнді дала, алқапты шалғындар, батпақтар және т.б.
Орманның 19 түрі анықталды, ең көп таралғаны –сағызқарағайлар (жартасты, субальпілік, самырсынды-мүкті, самырсынды-түрлі шөпті, қарақатты, тобылғылы, дәнді-түрлі шөпті және т.б.), таулы-тайгалы белдеуінің оңтүстік бөлігінде (теңіз деңгейінен 1900-2100 м биіктікте) өсетін майқарағай мен шыршалар аз таралған, мысалы, самырсынды дәнді-түрлі шөпті және қалың шөпті, т.б., сонымен қатар сондай-ақ қайың ормандары (түрлі шөпті, айрауықты, шөгінді-батпақты), көктеректер, теректер, талдар және т.б. Марқакөл қорығының орман алаңқайында сары қараған, қарақат, Сібір шетені, орман таңқурайы, қызыл аюбадам жиі кездеседі; шөптесін өсімдіктерден балдырған, зиягүл, папоротниктер, қазтамақ, саумалдық, тарғақшөп, шегіргүл, бояушөп және т.б. басым.
Соңғы мәліметтер бойынша қорықта сүтқоректілердің 40-тан астам түрі бар. Сілеусін, барыс, елік, тиін, марал көптеп кездеседі. Құстардың келесі түрлері бар – көкқұтан және аққұтан, қызғылт бірқазан, меңіреу құр, құр, шіл және т.б.
Марқакөл қорығын одан әрі зерттеу қара Тайга биоценозын қалпына келтіру әдістерін әзірлеуге және бірегей су қоймасы — Марқакөл көлінің балықтарын зерттеуге бағытталуы керек.